Ծաղկաձոր բառացի նշանակում է ծաղիկների հովիտ կամ ծաղկի ձոր։ Ծաղկաձոր անունը կապված է քաղաքի արևմուտքում գտնվող մերձակա Ծաղկունյաց լեռների անվան հետ: Ի սկզբանե այն հիմնադրվելով 3-րդ դարում հայտնի է եղել Ծաղկունյաց ձոր անունով: 11-րդ դարում քաղաքը հայտնի է եղել Կեչառույք կամ Կեչառիս անունով, որը ծագել է Կեչառիս մելիքությունից՝ հայկական Պահլավունիների ընտանիքից։